El Museo de La Plata tiene como antecedente inmediato el Museo Arqueológico y Antropológico fundado el 17 de octubre de 1877 en la ciudad de Buenos Aires, entonces capital de la provincia del mismo nombre. Este museo integraba colecciones conformadas por 15.000 ejemplares de piezas óseas y objetos industriales donadas por Francisco Pascasio Moreno, designado Director Vitalicio del mismo.
A partir de la federalización de la ciudad de Buenos Aires en 1880 y la fundación de la ciudad de La Plata como nueva capital de la provincia en 1882, el gobierno provincial dispuso el traslado de las colecciones de Moreno a esta ciudad en junio de 1884 y la construcción de un edificio que la albergara, cuya obra comenzó en octubre de ese mismo año.[1] Fue entonces cuando Moreno también donó 2.000 volúmenes de su biblioteca particular.
La construcción del museo concluyó en el año 1889, aunque su apertura al público se realizó unos meses antes, el 19 de noviembre de 1888, en el sexto aniversario de la fundación de la ciudad. En el año 1906, meses después de la nacionalización de la Universidad Nacional de La Plata, y siendo el reorganizador de la universidad Joaquín V. González, el museo pasa a formar parte de la misma, incorporándose actividades de docencia e investigación. Es entonces que Moreno abandona la dirección del museo por estar en desacuerdo con la nueva orientación que esa incorporación significaba: las instalaciones debieron reducirse, parte de la biblioteca se distribuyó en otras universidades y la imprenta y los terrenos adyacentes quedaron en propiedad de la provincia. En los planes de la nueva organización se preveía entre otras cosas una escuela de Ciencias Naturales, una de Ciencias Químicas y otra de Bellas Artes y Dibujo. Esto no favoreció al museo en sus primeros años de vida nacional pues las escuelas absorbieron la actividad de los profesores, decayendo entonces la labor científica, al realizarse muchas menos exploraciones e investigaciones.
El museo posee alrededor de 3.000.000 de objetos en su colección, y sólo una pequeña parte de los mismos se encuentran en exhibición. En gran medida, el prestigio del museo descansa en su colección de grandes mamíferos fósiles pampeanos de las eras Terciaria y Cuaternaria.
También se destacan las colecciones de trilobites del período Cámbrico y de graptolites del período Silúrico de Argentina. El museo cuenta además con salas de Zoología, Entomología, y Botánica.
Asimismo se encuentran en exposición colecciones de carácter arqueológico y etnográfico, en las que se destacan las de Argentina y Perú, y si bien la característica general del museo es su perfil marcadamente americanista, también existe una sala egipcia que expone un templo original (el templo de Aksha, proveniente de Nubia). La colección arqueológica exhibe el desarrollo cultural de América desde la etapa conocida como precerámica (12.800 a. C.) hasta el imperio inca y la llegada de los europeos.
Si bien el museo ha modernizado sus salas y agregado medios tecnológicos, conserva una sala de osteología con las mismas características, criterios y concepto que tenía a principios del siglo XX. Al mismo tiempo el recorrido del museo conserva el criterio original que consiste en recorrer una línea evolutiva, acorde con las ideas dominantes en la comunidad científica a fines del siglo XIX.
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